จากกรณีที่สื่อมวลชนตั้งข้อสงสัยถึงโครงการรถไฟฟ้าสายสีแดง ที่ใช้เวลาก่อสร้างนานถึง 14 ปี และใช้งบประมาณก่อสร้างสูงถึง 1.1 แสนล้านบาท นั้น
นายนิรุฒ มณีพันธ์ ผู้ว่าการรถไฟแห่งประเทศไทย ชี้แจงว่าตามที่คณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 22 พฤษภาคม 2550 ได้อนุมัติโครงการรถไฟชานเมือง (สายสีแดง) ช่วงรังสิต-บางซื่อ- ตลิ่งชัน โดยในส่วนของช่วงบางซื่อ-รังสิต ให้การรถไฟแห่งประเทศไทย (รฟท.) กรอบวงเงิน 52,220 ล้านบาท มีขอบเขตงานระหว่างบางซื่อถึงรังสิต เช่น ทางรถไฟกว้าง 1 เมตร จำนวน 3 ทาง ยาว 26 กิโลเมตร มีสถานีบางซื่อ บางเขน หลักสี่ ดอนเมืองและรังสิต รวม 5 สถานี และได้เสนอคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 16 ตุลาคม 2550 ปรับรูปแบบโครงการให้มีประสิทธิภาพมากขึ้น เช่น เพิ่มศูนย์ซ่อม เพิ่มพื้นที่จอดรถใต้ดิน เพิ่มสถานีจตุจักร ทุ่งสองห้อง การเคหะ วัดเสมียนนารี หลักหก โดยรวมงานระบบควบคุมการเดินรถช่วงบางซื่อ-ตลิ่งชัน ให้เป็นระบบเดียวกันทั้งโครงการ โดยปรับกรอบวงเงินเป็น 59,888 ล้านบาท
ปี 2551 ได้หาแหล่งเงินกู้จากองค์กรความร่วมมือระหว่างประเทศญี่ปุ่น (JICA) ซึ่งใช้ระยะเวลา จึงเสนอคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 10 มีนาคม 2552 ปรับราคาให้เป็นปัจจุบัน และรวมค่างานจัดหาตู้รถไฟฟ้า ปรับกรอบวงเงินเป็น 75,548 ล้านบาท ตามเงื่อนไขของแหล่งเงินกู้ จาก JICA และดำเนินการโดยวิธีประกวดราคานานาชาติ ซึ่ง JICA เห็นชอบเอกสารประกวดราคางาน และเริ่มกระบวนการประกวดราคาได้ช่วงเดือนสิงหาคม 2553
ทั้งนี้ สัญญาที่ 1 เป็นงานก่อสร้างงานโยธาสถานีกลางบางซื่อ และศูนย์ซ่อมบำรุง และสัญญาที่ 2 เป็นงานโยธาสำหรับทางรถไฟ ช่วงบางซื่อ-รังสิต ลงนามสัญญาจ้างทั้ง 2 วันที่ 18 และ 21 มกราคม 2556 ตามลำดับ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการเดินรถระหว่างรถไฟชานเมือง (Commuter Train) และรถไฟทางไกล (Long Distance) จาก 3 ทางวิ่ง เป็น 4 ทางวิ่ง และปรับแบบสถานีกลางบางซื่อรองรับการเดินรถไฟทุกประเภท จากเดิม 16 ชานชาลา เป็น 24 ชานชาลา และขยายความยาวอาคารสถานีกลางบางซื่อด้วย
การปรับปรุงนี้ รฟท.ดำเนินการโดยไม่ต้องสร้างสถานีรถไฟความเร็วสูงเพิ่มเติม แต่ใช้ทรัพยากรร่วมกับสถานีกลางบางซื่อ ทำหน้าที่เป็นศูนย์กลางการคมนาคมทางรถไฟ โดยเสนอคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 3 กุมภาพันธ์ 2558 มีค่าก่อสร้างสองสัญญาเพิ่มขึ้นเป็น 8,140 ล้านบาท ส่วนสัญญาที่ 3 งานระบบไฟฟ้าและเครื่องกล รวมตู้รถไฟฟ้า ผลการประกวดราคาหลังเจรจาเป็นเงิน 32,399 ล้านบาท ซึ่งได้เสนอคณะรัฐมนตรี อนุมัติเมื่อ 9 กุมภาพันธ์ 2559 เป็นเงิน 93,950 ล้านบาท
การรถไฟแห่งประเทศไทย ได้ดำเนินการตามขั้นตอน ระเบียบต่าง ๆ ครบถ้วน และด้วยมีเหตุผลความจำเป็นที่จะต้องปรับปรุงสถานีกลางบางซื่อ และโครงการสายสีแดง ให้สถานีกลางบางซื่อเป็นศูนย์กลางระบบคมนาคมทางรางของประเทศ รองรับรถไฟรูปแบบต่าง ๆ ได้อย่างครบถ้วน และเมื่อโครงการต่อเนื่องที่กำลังดำเนินการก่อสร้าง ประกอบด้วยโครงการรถไฟความเร็วสูง กรุงเทพ- นครราชสีมา และโครงการรถไฟความเร็วสูงเชื่อมสามสนามบิน ดำเนินการแล้วเสร็จ ก็จะมีจุดเชื่อมต่อระบบรางที่สำคัญ ณ สถานีกลางบางซื่อ แห่งนี้ต่อไป
ส่วนสาเหตุที่โครงการรถไฟฟ้าสายสีแดง มีการดำเนินงานและผลงานก่อสร้างล่าช้านั้น เนื่องจากใช้งบประมาณก่อสร้างจากแหล่งเงินกู้ต่างประเทศ ซึ่งมีเงื่อนไขตามที่แหล่งเงินกู้ กำหนดให้ผู้กู้จะต้องปฏิบัติตามเงื่อนไขสัญญาเงินกู้ มีผลให้ใช้ระยะเวลาดำเนินการจนกว่าแหล่งเงินกู้จะให้ความเห็นชอบ ประกอบกับความผันผวนของอัตราแลกเปลี่ยน และพื้นที่ก่อสร้างเป็นโครงการขนาดใหญ่ เกิดปัญหามีผู้บุกรุกต้องสร้างรั้วป้องกัน
นอกจากนี้ จะต้องรักษาการให้บริการขบวนรถทางไกล สายเหนือสายตะวันออกเฉียงเหนือ และสายใต้ ให้สามารถเดินรถตามปกติ ซึ่งต้องดูแลเรื่องความปลอดภัยของทั้งงานก่อสร้าง และความปลอดภัยของการเดินรถเพื่อไม่ให้มีผลกระทบกับการให้บริการเดินรถ ในระหว่างการก่อสร้างบนพื้นที่ใจกลางเมือง ซึ่งการรถไฟฯ ได้เร่งรัดดำเนินการโครงการสายสีแดง ในส่วนงานโยธาเสร็จแล้ว คงเหลือส่วนงานระบบที่จะดำเนินการเพื่อเปิดให้บริการเชิงพาณิชย์ในปลายปี 2564 ต่อไป
